離子色譜柱通過調節流動相組成的變化和添加一些試劑的方式，成功實現了許許多多不同的色譜應用。一些技術是利用添加劑改變了填料的表面特性，有時候這些添加劑本身有可能會污染硅膠和鍵合相表面。
硅膠表面除了有疏水鍵合相外，還有別的一些化學特性。殘留的硅醇基存在于所有的硅膠鍵合填料中。這些硅醇基具有弱酸性，因此能與某些待分析物和樣品基體中的雜質相互作用，特別是與堿性物質發生作用。因為硅醇基的pKa值大約是4.5，離子化能在中性pH條件下發生，而存在與陽離子產生靜電相互作用的可能。較老的A型硅膠含有高濃度金屬雜質離子（有時候達100ppm或更多），而這能使硅膠表面的酸性更大，甚至能與某些金屬鰲合化合物發生作用。殘留硅醇基在非末封尾的鍵合硅膠表面和在C2或C4等短鏈硅膠鍵合相填料中，麻煩更大。
離子色譜柱工作流程，大概流程，高壓輸液泵將流動相以穩定的流速（或壓力）輸送至分析體系，在色譜柱之前通過進樣器將樣品導入，流動相將樣品帶入色譜柱，離子色譜柱在色譜柱中各組分被分離，并依次隨流動相流至檢測器。抑制型離子色譜則在電導檢測器之前增加一個抑制系統，即用另一個高壓輸液泵將再生液輸送到抑制器。在抑制器中，流動相背景電導被降低，然后將流動出物導入電導池，檢測到的信號送至數據處理系統記錄、處理或保存。
