色譜柱度優化功能，或“GO”功能，把線性梯度轉化成階梯梯度，在已確認的洗脫峰附近，優化洗脫條件。先用一個小的色譜柱純化一個小部分樣品，一旦運行完畢，選擇優化按鈕。然后選擇目標峰，一個新的，優化了的，基于梯度洗脫方法就自動產生了。選擇一個新的色譜柱和收集支架，分離方法就根據新柱子的大小自動調整， 并準備運行。
色譜柱污染后的清洗和再生：
當柱子被污染，它的色譜行為和沒被污染的柱子會有些不同。被污染的柱子能產生反壓問題。被污染的反相柱子必須清洗和再生才能恢復原來的操作條件。
再生被污染HPLC柱子的關鍵是知道污染物的性質并且能找到適當的溶劑來去除。如果污染是因為重復進樣時強保留物質的累積引起的，利用簡單的步驟來除去這些污染物往往能恢復其色譜行為。有時候，經過多次操作以后的色譜柱用90～100%的溶劑B(雙溶劑反相系統中較強的溶劑)沖洗20個體積可以**污染物。例如，柱子中殘留的脂質就能用非水溶劑如甲醇、乙晴、四氫呋喃。
一般來說，所有的清洗方法都有類似的形式。所用的溶劑都是隨溶劑強度增加，經常*后一個溶劑是非常疏水的(如醋酸乙酯甚至是烴)，可以用來溶解非極性物質如脂質和油類。我們必須保證一系列溶劑中每個溶劑都能與下一個溶劑互混。清洗過程要結束時，必須借助一個中等強度能互混的溶劑而回到原始溶劑系統。例如，異丙醇是一個非常好的作為中間步驟的溶劑，因為它能與正己烷或二氯甲烷互溶又能與水相溶劑互溶。但是異丙醇粘度非常大，必須確保較低的流速以免使泵壓過高。沖洗色譜柱時，沖洗液由色譜柱出液端直接接入廢液瓶，不能流經檢測池，以**測池被污染。
反相色譜柱沒有使用緩沖溶液，請使用以下溶劑系列再生：
100%甲醇→100%乙腈→75%乙腈-25%異丙醇→100%異丙醇→100%二氯甲烷→100%正己烷→100%二氯甲烷→100%異丙醇→100%乙腈。
反相色譜柱使用緩沖溶液，請使用以下溶劑系列再生：
水→乙腈→氯仿(或異丙醇)→乙腈→水。
表 用來沖洗的溶劑體積、時間
色譜柱尺寸 柱體積 所用溶劑的體積 沖洗時間
150-4.6 2.5ml 50ml 50min
250-4.6 4.2ml 80ml 80min
每種溶劑至少沖洗20個柱體積。如250mm×4.6mmHPLC分析柱，可以用1ml/min的流速來沖洗，沖洗后使用沒有緩沖的流動相進行平衡色譜柱。
注：如果簡單的有機溶劑/水的處理不能夠*洗去硅膠表面吸附的雜質，說明色譜柱嚴重污染，沖洗溶劑可以用①0.05M稀硫酸，②二甲基亞砜(DMSO)，③二甲基甲酰銨-水(50：50)，用低于0.5ml/min的流速沖洗非常有效。
